لا يزال الجدل قائما على قانون المحكمة الاتحادية في العراق، لأسباب عديدة، من بينها المصالح السياسية للقوى السياسية التي تسعى إلى بسط نفوذ أكبر في مثل هذه المؤسسات الحكومية.
ووفق محللون سياسيون، فإن الصراع القائم على المحكمة الاتحادية في العراق، يكمن في الصلاحيات التي تتمتع بها هذه المؤسسة في اتخاذ القرارات الحساسة للدولة.
وفشلت القوى السياسية والحكومة في وضع حد لهذا الصراع، وتطبيق القانون وفق المصلحة الوطنية، في ظل الفساد والنفوذ المتزايد، والمخاوف من عرقلة عمل المحكمة التي تمس أكثر القرارات حساسية في الدولة.